一為、專利無效之訴
被告一方面向智慧局提出舉發，一方面再據以依專利法第90條之規定，而向民事法院聲請裁定停止審判。透過此方式，會導致專利侵權訴訟程序延宕。
專利法第90條：「關於發明專利權之民事訴訟，在申請案、舉發案、撤銷案確定前，得停止審判。法院依前項規定裁定停止審判時，應注意舉發案提出之正當性。舉發案涉及侵權訴訟案件之審理者，專利專責機關得優先審查。」
專利法第90條係規定「得」而非「應」停止審判，但以往實務上法官常以專利是否有效係訴訟成立與否之前提要件，故除非舉發案之正當性顯有重大瑕疵，否則往往會准裁定停止審判，專利無效之訴的特徵在於，將“於專利有效性的問題”，當作本訴所進行的訴訟，被告僅是第三者，兩造當事人分別為“智慧局”及“專利權人”，其所產生的效力為“對世效”(in rem judgment)，敗訴的專利權人不得再對其他人提起侵權訴訟。
另一為、專利侵權訴訟中的“專利無效抗辨”
被告依智慧財產案件審理法第16條所規定，於智慧財產民事訴訟中，提出專利無效抗辯，亦即當作反訴手段，此時由法院自行判斷（缺少了專利主管機關的意見），而不適用有關停止訴訟程序之規定。
第十六條（撤銷、廢止原因之判斷）
當事人主張或抗辯智慧財產權有應撤銷、廢止之原因者，法院應就其主張或抗辯有無理由自為判斷，不適用民事訴訟法、行政訴訟法、商標法、專利法、植物品種及種苗法或其他法律有關停止訴訟程序之規定。
前項情形，法院認有撤銷、廢止之原因時，智慧財產權人於該民事訴訟中不得對於他造主張權利。
由於專利侵權訴訟中的“專利無效抗辨”，當事者依然是原告及被告，且法院自行判斷專利無效後，該既判力之效力僅及於當事者雙方，亦即專利侵權訴訟中的“專利無效抗辨”所產生的效方為“相對效”。
原因在於專利權之撤銷的權利在於智慧局，即使於一專利侵權訴訟中被法院認為無效，在智慧局被撤銷該專利前，該專利依舊有效。
相關資訊可再參考：
專利侵權訴訟實務
www.taiwanncf.org.tw/ttforum/43/43-19.pdf
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